从感染HIV到发展为艾滋病，大致经历急性期、无症状期和艾滋病期三个期。
第一期：急性艾滋病毒感染
这是指体内存在HIV病毒但抗体尚未阳转阶段，是HIV病毒或抗原能够被检出但抗体检测为阴性或不确定的“窗口期”。通常在感染病毒后的2到6周内，人体免疫系统和艾滋病毒有一场激烈较量，此时出现症状与其他病毒性感染(比如流感)症状相似，通常持续1到2周艾滋病急性期，然后完全消失。症状包括：头痛、疲劳、肌痛、咽喉痛、淋巴结肿大、红色皮疹(通常在躯干上)、发热。
约半数HIV急性期患者会出现皮疹，常首诊于皮肤科。急性期感染者体内具有较高病毒载量，传染性强，及时诊断并进行行为干预具有重要的流行病学意义。
第二期：慢性艾滋病毒感染
当免疫系统与艾滋病斗争失败，流感样症状会消失。医生称之为无症状或临床潜伏期。有一部分人可能没有第一阶段症状，没有意识到被感染，但能把艾滋病传染给其他人，这一阶段可持续10年或更长时间。
在此期间，未经治疗的HIV将杀死CD4T细胞并破坏免疫系统，CD4细胞数量会下降，而且感染者会很容易受到其他病毒感染。
第三期：艾滋病期
艾滋病是HIV感染的晚期阶段。在这一阶段，可能出现很复杂的临床症状，比如时时刻刻感觉疲劳；脖子或腹股沟有肿大淋巴结；持续10天以上的发烧；盗汗；不明原因消瘦；身上出现紫色斑点且不会消失；气短；严重的会长期腹泻；口腔、咽喉和阴道出现真菌感染；瘀伤或无法解释的出血现象等。
感染者的无症状期持续时间可长可短，少则2年，多则可达20年，其长短与感染途径密切相关。一般情况下，经血感染者(主要为非法采血与共用注射器)为4-5年，性交感染一般为11-13年，如果一个感染者的无症状期能达到13年，就可以被称为长期生存者。当感染者体内的免疫细胞已无法与HIV抗衡时，就标志着进入HIV感染的最后阶段，称有症状期。这时，感染者被叫作艾滋病(AIDS)患者，他们非常容易受到其他疾病感染，一些普通的传染病如肺炎等，一旦进入他们的机体就会无法控制，在6至24月内他们就会死亡。
艾滋病窗口期究竟有多长？
国内不同医疗机构、医生给出答案不一，这本质上是因为人类对艾滋病毒的认识和检测技术一直在不断进步产生的。
一直被大家公认的艾滋病窗口期为3个月，这是针对80年代检测手段而言。随着人类对HIV认识不断加深艾滋病急性期，HIV的酶学、分子生物学检测技术突飞猛进，HIV抗体检测试剂盒中的抗原成分从第一代的混合抗原，发展到第二代的基因重组抗原，第三代的嵌合抗原等，第四代又结合了HIV核酸检测及HIV抗原测定，试剂检测的灵敏度、准确度大大得到提升，窗口期被一再缩短，1996年WHO就已将艾滋病窗口期修正为2-3周，不同国家在此基础上也将本国窗口期修正为3-6周不等。
2014年，我国艾滋病毒检测窗口期已缩短至2周以内，这是指用四代试剂检测的窗口期。但目前国内普遍使用的是三代试剂，因此，在我国，艾滋病的窗口期是3-6周。也就是说，高危性行为后3周阴性就可以基本排除艾滋，6周则可以完全排除。
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